وقال مسؤول في حركة حماس من بيروت: "نجري تحقيقًا لمعرفة الجهة التي تقف وراء هذه الجريمة النكراء" واتهم الموساد الإسرائيلي "بالوقوف وراء الاغتيال".
وأوضح مسؤول فلسطيني في منظمة التحرير الفلسطينية رفض الكشف عن اسمه أن غناجة كان يتحرك في سوريا بشكل سري وأن طبيعة مهامه تشبه عمل محمود عبد الرؤوف المبحوح الذي اغتيل في أحد فنادق دبي على يد الموساد، و أكد "تعرضت أجزاء من بيت غناجة للإحراق على يد المجموعة التي نفذت الاغتيال".
وروى مصدر مقرب لمجلس الثورة السورية في منطقة قدسيا لوكالة الأناضول أن "المجلس هو من اكتشف الجريمة البشعة وأبلغ حماس" كما أكد المصدر ذاته أن غناجة لم يتعرض للسرقة كما أشيع، وأن نقوده وحاسبه الشخصي وكذلك سلاحه كلها بقيت في مكانها. ورفض جهاد مقدسي، الناطق باسم الخارجية السورية، التعليق على حادثة الاغتيال مؤكدًا أنه ليس هناك أي معلومات متوفرة لديه حتى الآن.
